Mireille Bouquet ist eine professionelle Auftragskillerin aus Paris. Eines Tages erhält sie eine mysteriöse E-Mail von der japanischen Schülerin Kirika Yuumura. Sie fordert Mireille auf, mit ihr eine Pilgerreise in die Vergangenheit zu unternehmen. Mireille glaubt an einen Scherz, als eine Melodie ertönt und in ihr eine bruchstückhafte Kindheitserinnerung weckt.
Sie reist nach Japan, um Kirika zu treffen. Auf einer verlassenen Baustelle stellt sie Kirika zur Rede. Diese holt eine alte Taschenuhr hervor, welche wieder die Melodie abspielt. Es stellt sich heraus, dass die junge Frau Mireilles Decknamen kennt - Noir. Bevor Mireille mehr erfahren kann, flüchtet sich Kirika in ein halbfertiges Gebäude.
Kurz darauf taucht eine Gruppe Männer auf und versucht die beiden zu töten. Während Kirika flieht, stellt sich Mireille dem Kampf. Als Mireille überwältigt wird, taucht auf einmal Kirika auf und tötet die Angreifer mit eiskalter Präzision. Als der Kampf zu Ende ist, bricht sie in Tränen aus. Sie versteht nicht, warum es ihr so leicht fällt Menschen umzubringen, ohne darüber traurig zu sein.
Zurück in Kirikas Haus erzählt sie Mireille ihre Geschichte: Als sie erwachte, war sie bereits in diesem Haus. Ohne Erinnerungen an die Zeit davor. Ihren Namen kennt sie nur von ihrem Schülerausweis, den sie neben der alten Taschenuhr und einer Pistole fand. Sie weiß nur, dass sie Noir ist. Kirika bittet Mireille ihr bei der Suche nach ihrer Vergangenheit zu helfen.
Mireille erklärt ihr, dass sie Nachforschungen angestellt hat. Kirikas angebliche Eltern haben nie existiert, alle offiziellen Dokumente sind eine Fälschung. Einer Zusammenarbeit steht sie zunächst ablehnend gegenüber. Aber warum weckt die Melodie einer alten Taschenuhr Erinnerungen in ihr? Und was hat Kirika damit zu tun? Warum wollten die Unbekannten sie beide töten?
Sie treffen eine Abmachung. Sie werden gemeinsam das Rätsel ihrer Vergangenheit lüften. Danach wird Mireille Kirika töten, um dann wieder unerkannt als Auftragskillerin arbeiten zu können. Unter dem Namen Noir arbeiten sie von nun an als Auftragskillerinnen zusammen. Schon bald finden sie heraus, dass dieser Name eine sehr alte Bedeutung hat, und eine geheimnisvolle Organisation, Les Soldats, ihren Tod befohlen hat.
Das Rätsel um die Vergangenheit der beiden Hauptcharaktere zieht sich wie ein roter Faden durch alle Episoden. Trotz zahlreicher Kampfhandlungen wird auf blutige Gewaltdarstellungen verzichtet.
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